El regreso de Pedro Sarmiento comenzó en Bahía, donde se embarcó en una carabela portuguesa hacia España. La travesía transcurrió felizmente hasta estar en aguas de las Azores, donde fueron atacados por tres barcos corsarios de Walter Raleigh. Ante la fuerza de los enemigos se rindió la carabela, que fue apresada.
Dejaron en libertad los corsarios a los tripulantes de la carabela, pero el piloto denunció a Sarmiento como navegante de importancia, quizá como gobernador del Magallanes, y fue hecho prisionero (agosto de 1856) requisándole todos sus papeles. Sarmiento había arrojado al agua algunos de ellos, pero una parte fue rescatada por los ingleses.
Fue llevado a Inglaterra (septiembre) donde, después de algunos días de maltratos, Sarmiento fue conducido ante Raleigh que, al conocer quién era, hizo que se le diese un trato más amistoso. Como consecuencia de este contacto fue presentado a la Reina Isabel y con ella departió, como con Raleigh, en latín —era «elegante en latín», dirá después Sarmiento. Estuvieron hablando cerca de dos horas—. ¿De qué? Nuestro personaje no lo dejó escrito. Dirá que era para tratarlo personalmente con el Rey.
La reina le hizo llegar un mensaje para Felipe II encaminado a iniciar las negociaciones de paz y se le proveyó de un pasaporte y ayuda para salir de Inglaterra y viajar a España.
Pero Sarmiento, ay, no volvió a España por mar, sino por el continente: pasó a Francia, donde se entrevistó en París con el Embajador de España don Bernardino de Mendoza. También fue a Dunkerque e informó a Alejandro Farnesio, gobernador general de los Países Bajos, de cómo andaban las cosas en Inglaterra (sería después el capitán general designado para su invasión).
En su camino a España, no muy lejos ya de Bayona, fue hecho prisionero por soldados hugonotes franceses. No le sirvió el pasaporte de la Reina Isabel, y menos el que España estuviese en paz con Francia. Fue llevado a Mont de Marsan y encerrado en un calabozo.
El prisionero quedó bajo la custodia del coronel Castelnao. Los hugonotes propusieron el canje por uno de los suyos, que había caído en Flandes en poder de los españoles. Felipe II no accedió a ello y entonces pidieron un rescate por Sarmiento por valor de 30.000 escudos...
No hicieron efecto las cartas que la misma Isabel de Inglaterra escribió a Enrique de Navarra, cabeza del partido hugonote (más tarde Enrique IV de Francia); en ellas le manifestaba que le interesaba mucho que Sarmiento pasase a España y llevase sus mensajes a su Rey.
Castelnao fue bajando el rescate pedido por Sarmiento y al fin fue puesto en libertad mediante el pago de tan sólo 6.000 escudos y cuatro caballos escogidos... Era ya el verano de 1590... Tres largos años de cautiverio sufriendo un trato infame, en un calabozo «tan hediondo que no lo podían sufrir los que le llevaban de comer»
Al parecer, aquellos colonos sufrieron muchas calamidades y murieron casi todos. Se sabe de su triste suerte por el relato de uno de los supervivientes, el soldado Tomé Hernández, rescatado por el corsario inglés Cavendish... Pero parece demostrado que Cavendish también dejó abandonados a su miserable suerte a una docena de aquellos desventurados.